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    金風醒秋、穰穰滿家彤

    發布時間:2022-05-23 16:38:32  作者:本站編輯  來源:本站原創  瀏覽次數:

       長鏈非編碼RNA(LncRNA)起初被認為是基因組轉錄的“垃圾”,是RNA聚合酶II轉錄的副產物,不具有生物學功能。

    然而,近年來的研究表明,lncRNA參與了X染色體沉默,基因組印記以及染色質修飾,轉錄激活,轉錄干擾,核內運輸等多種重要的調控過程,lncRNA的這些調控作用也開始引起人們廣泛的關注。

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    LncRNA在多個層面上參與細胞分化和個體發育調控, 并與復雜疾病密切相關。近年來關于lncRNA的研究進展迅猛,但是絕大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。

    基于此,張建小組研三學生陳佳新從生物信息學的角度出發開發了一個全面的人類lncRNA集合數據庫LncSEA:A comprehensive human lncRNA sets resource and enrichment analysis platform,目的是為lncRNA研究人員提供數據支撐和實驗指導。

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    LncSEA

    (http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php)


    LncSEA不僅從已經公開發表的數據資源中收集了下游lncRNA功能集合,還通過處理大量的高通量測序數據(CHIP-seq,ATAC-seq)預測了上游lncRNA轉錄調控相關集合。為了方便用戶使用和查詢,我們對LncSEA中所有背景參考集合按照生物學功能分成18個不同類別,例如藥物,疾病,轉錄因子,保守性,癌癥表型等類別。

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    用戶可以在LncSEA中輸入一批感興趣的lncRNA,LncSEA將會返回和用戶輸入集合顯著富集的所有類別集合和可視化圖片。LncSEA的所有參考集合的信息和分析結果都提供下載。

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    感言?

       自語

     

     

    "感謝我的導師李春權教授對我課題的細心指導和學習生活上的關懷。整個課題最讓我記憶深刻的階段是改稿的那段日子。

    那時候是七月末,因為新冠疫情我們都在家里辦公。由于改稿時間的緊迫和線上交流的局限性,我們小組組長張建老師召集了所有小組成員和白雪峰,李學滄老師小組的有經驗人員全力幫助我改稿。

    當時我的導師李春權教授在北京出差,他白天開會晚上熬夜幫我改論文。記得改稿的那幾天我都是在凌晨兩三點鐘收到他幫我修改后的文件。有了大家的幫助和鼓勵我的恐慌和緊張瞬間緩和許多,果然團隊的力量是偉大的,經過我們的努力有了令人滿意的結果。

    由于LncSEA和其他數據庫的結構有些不同,所以在網站開發上遇到了不少技術上的困難。高宇老師,2017級本科生俸銘鴻,2018級本科生王曉鵬,2018級本科生張國銳在網站開發上付出了很多,他們克服重重困難開發了LncSEA網站平臺。在此感謝LncSEA的所有作者的幫助和課題組的支持!"

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    生物信息

      未來可期

     

     

    自哈醫大大慶校區生物信息課題組成立以來,累計發表學術論文50余篇,俯拾仰取。培育桃李遍地開花,去往國內各知名高校、研究所。在疫情嚴峻的2020年,卻也上演一出帽子戲法,連刊三篇《Nucleic acids research》論文。曾幾何時,篳路藍縷步步維艱,今日視之,御金風攬秋華,稇載而歸。

    魚躍此時海,花開彼岸天。生物信息,未來可期!


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